嘉靖隆慶二朝
武宗無子嗣無兄弟。死后由孝宗弟興獻(xiàn)王長子朱厚熜即位，是為明世宗。世宗一即位，罷黜各地鎮(zhèn)守太監(jiān)，整頓稅收，節(jié)儉財政，似乎要有所作為。但是大禮議事件嚴(yán)重?fù)p害了朝政：世宗要求尊父為興獻(xiàn)皇帝，母為興獻(xiàn)皇后。但內(nèi)閣首輔楊延和、禮部尚書毛澄等堅持以為不可。但是也有一些大臣紛紛迎合帝意。世宗在這些人的助長下蔑視禮法，不僅尊其父母為皇帝和皇太后，又為父親在太廟旁專立一廟祭祀，成為獻(xiàn)皇帝廟。又稱父親為睿宗，在武宗之上，還為父親修皇帝實錄。大禮儀引起軒然大波，朝臣中反對者均受打擊，或被罷官，或被入獄。受杖者一百八十余人，杖死者十七人。同時，世宗奉道教，信用方士，濫用公帑，揮霍無度，并在宮中日夜祈禱。先是將道士邵元節(jié)入京，封為真人及禮部尚書。邵死后又大寵方士陶仲文。自嘉靖二十一年（1542年）“壬寅宮變”后世宗即不視朝。此時寵臣嚴(yán)嵩專政20余年，朝政腐敗黑暗到極點。
世宗去世后，唯一存活的皇子朱載垕即位，是為明穆宗，改元隆慶。穆宗本人無能，但他任用能臣如高拱、徐階、張居正等，內(nèi)政形勢總體較佳。也為萬歷初年的中興奠定基礎(chǔ)。
嘉靖一朝，國家外患不斷。北面韃靼部趁明朝衰弱而占據(jù)河套。嘉靖1550年，韃靼首領(lǐng)俺答汗進(jìn)犯，在北京城郊大肆搶掠之后西去，明軍在追擊中大敗，此為庚戌之變。穆宗時，明朝與蒙古通好，俺答被封為順義王。在南部海疆，倭寇橫行，人民生活生產(chǎn)受到嚴(yán)重破壞。但是后為戚繼光、胡宗憲、俞大猷剿滅。
雖然這兩朝的政治腐化加劇，但經(jīng)濟(jì)仍有發(fā)展。明朝的資本主義萌芽即在這個時期出現(xiàn)。
張居正變法
隆慶六年，明穆宗突然中風(fēng)駕崩，子朱翊鈞繼位，是為神宗，改元萬歷。由于神宗年幼，于是由太后攝政。重臣高拱由于與太后信任的宦官馮保對抗而被罷官，相反張居正得到馮保的鼎力支持。
張居正輔政十年，推行改革，在內(nèi)政方面，提出了“尊主權(quán)，課吏職，行賞罰，一號令”，推行考成法，裁撤政府機構(gòu)中的冗官冗員，整頓郵傳和銓政。經(jīng)濟(jì)上，清丈全國土地，抑制豪強地主，改革賦役制度，推行一條鞭法，減輕農(nóng)民負(fù)擔(dān)。洪武年間，全國耕種田地有八百五十萬零七千六百卅二頃。到了弘治十五年（1502年）降低到四百二十二萬八千零五十八頃。而萬歷九年經(jīng)過張居正的治理后達(dá)到七百零一萬三千九百七十六頃。軍事上，加強武備整頓，平定西南騷亂，重用抗倭名將戚繼光總理薊、昌、保三鎮(zhèn)練兵，使邊境安然。張居正還啟用潘季馴治理黃河，變水患為水利。同時張居正嚴(yán)懲貪官污吏，裁汰冗員。
張居正變法后，萬歷初年呈現(xiàn)出太平盛世的景象。 張居正逝世之后，中興之象消失。明王朝從此走上了衰敗之路。
萬歷怠政
張居正死后初期，神宗尚能保持對朝政的興趣，但不久就開始怠政。萬歷十四年后，神宗就開始連續(xù)不上朝。萬歷十七年元旦后，神宗以日食為由免去元旦朝賀。此后每年的元旦神宗再也不視朝。自萬歷十六年后，常朝也經(jīng)�？床坏缴褡�。神宗整日在深宮中不理政事，沉浸在花天酒地之中。每年還進(jìn)行選美。神宗還好營建，經(jīng)常大興土木。在他廿一歲時就開始籌建陵園。萬歷十七年，大理寺左評事雒于仁上疏，稱神宗沉湎于酒、色、財、氣。結(jié)果被貶為民。神宗還派礦監(jiān)和稅監(jiān)搜刮民間財產(chǎn)，導(dǎo)致多處民變發(fā)生。由于神宗不理朝政，缺官現(xiàn)象非常嚴(yán)重。萬歷三十年（1602年），南北兩京共缺尚書三名，侍郎十名；各地缺巡撫三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名。神宗委頓于上，百官黨爭于下，政府完全陷入空轉(zhuǎn)之中。官僚隊伍中黨派林立，互相傾軋，如東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨等名目眾多，但其所議議題卻不是如何改良朝政，只是人事布局而已。因此明史言：“論者謂：明之亡，實亡于神宗�！�
神宗在位期間另外兩項嚴(yán)重敗壞朝綱的事件是東林黨爭和國本之爭。東林黨源于顧憲成組辦的東林書院。東林黨一詞則起源于萬歷三十八年的一次人事變動事件。起因是內(nèi)閣缺人，顧憲成極力主張頗有政績的淮揚巡撫李三才入閣，結(jié)果被反對李三才入閣的勢力摸黑漫罵，東林黨因此而起。東林黨興起后，朝中其它各黨便集中火力攻擊東林黨。閹黨專權(quán)后，東林黨更受到嚴(yán)重打擊。直到崇禎初年東林黨才重新被啟用。
另外一項政爭是國本之爭。主要是圍繞著皇長子朱常洛與鄭貴妃所生的福王朱常洵。神宗遲遲不立太子，令群臣憂心如焚。朝中上下也因此分成兩個派別。直到萬歷二十九年，朱常洛才被封為太子，朱常洵被封為福王。但是福王遲遲不離京就任藩王。直到梃擊案發(fā)生，輿論對鄭貴妃不利后，福王才離京就藩。
不過萬歷朝的亮點則是包括援助朝鮮王朝抵抗日本侵略的壬辰倭亂、平定寧夏啺葜?lián)u⑵蕉ü籩菅鈑α業(yè)牡耐蚶笳鞫既〉昧聳だ�。万历四十六妮�?618年），后金努爾哈赤以“七大恨”告天，誓討明朝。次年在薩爾滸之戰(zhàn)中大敗明軍，明朝對女真從此轉(zhuǎn)為戰(zhàn)略防御。
明末三大案
萬歷四十八年（1620）七月二十一日，神宗朱翊鈞病逝，十月葬于定陵。太子朱常洛繼位是為明光宗，在位一個月。“明末三大案”指明朝末期宮廷中發(fā)生的梃擊案、紅丸案、移宮案的總稱，均與光宗有關(guān)。這三起事件本身并不是很重要，但是卻標(biāo)志著明末紛亂和衰亡的開始，故有“三大案”之稱。
魏忠賢亂政
泰昌元年(1620)，光宗駕崩。長子朱由校繼位，是為明熹宗，改元天啟。熹宗文化水平不高，又喜歡木匠工作。閹黨魏忠賢趁勢而起，結(jié)黨亂政，明朝社會更加黑暗。
但是在深層次的站在中立的立場來評價，其實所謂的“魏忠賢亂政”，是明朝文官集團(tuán)中占有優(yōu)勢數(shù)量的“東林黨”和“浙黨”、“齊黨”、“魯黨”為了各自的利益所引發(fā)的�；实燮髨D通過內(nèi)廷與朝中少數(shù)派的官員聯(lián)合起來，從東林黨把持的內(nèi)閣中爭奪權(quán)力的斗爭。這種斗爭隨著天啟皇帝病逝而最后告終。天啟皇帝死后，崇禎皇帝又開始起用“東林黨”官員，不久魏忠賢被皇帝調(diào)到鳳陽看守皇陵，東林官員上書“魏忠賢謀逆”，請求皇帝處死他。魏忠賢自己得到這個消息后，上吊自殺。
內(nèi)憂外患
天啟七年，熹宗死去。接替熹宗的是弟弟信王朱由檢，是為思宗（弘光帝初謚為思宗，后改為毅宗，隆武帝謚為威宗），年號崇禎。他即位后，銳意改革朝政。他首先下令停建生祠，又逼客氏移居宮外。時機成熟后，崇禎帝下令魏忠賢去鳳陽守陵。魏忠賢在前去過程中得知被崇禎帝已派錦衣衛(wèi)來逮捕他，便與黨羽李朝欽一起自縊。崇禎帝將其首級懸于河間老家。同時將客氏押到浣衣局處死。閹黨其它分子也被貶黜或處死。閹黨專權(quán)雖然結(jié)束，但其后朝中又黨爭不斷，崇禎帝對朝政又開始失望。為中興國政，他開始加強集權(quán)，力圖控制百官，任用宦官來貫徹自己的革新意志。
1629年（明朝后期地圖(崇禎年間)崇禎二年）10月，后金汗皇太極由蒙古人做向?qū)вH率大軍，通過喜峰口，從龍井關(guān)突破長城，攻陷遵化、灤州、永平、遷安四座國防要塞，直逼帝都。由于人事變動，朝廷一度失去了對遼西邊防軍的控制，而衛(wèi)戍帝都之三大營為后金武力威懾，北京城外園亭莊舍被入侵者蹂躪殆盡。 同年12月，崇禎帝詔令天下兵馬進(jìn)京勤王。
1630年（崇禎三年），帝以“咐托不效，專恃欺隱，以市米則資盜，以謀疑則斬帥”等罪名將負(fù)責(zé)遼東軍務(wù)的廣東人袁崇煥處死。同年，后金大軍直抵北京城外，明廷大震，但勤王各鎮(zhèn)兵馬卻自保不前，無人敢?guī)ь^出戰(zhàn)。見此狀況，重慶女總兵秦良玉挺身而出，率領(lǐng)“白桿兵”主動向八旗軍發(fā)起進(jìn)攻。在北京永定門外，皇太極派出多爾袞部迎戰(zhàn)秦良玉部。這一仗，秦良玉率白桿兵在孫承宗等老將的配合下戰(zhàn)勝鐵蹄騎兵。之后，秦良玉又趁風(fēng)雪之夜成功偷襲皇太極大本營。迫使雄心勃勃的皇太極不得不連棄灤州、永平、遷安、遵化四城，無功而返，退出關(guān)外。
1640年清軍攻打錦州，崇禎帝派洪承疇帶八路總兵率剛剛鎮(zhèn)壓中原起義的十三萬大軍出關(guān)援錦，在松山大戰(zhàn)清軍，是為“松錦大戰(zhàn)”。結(jié)果明軍敗。洪承疇投降。關(guān)外遼東地區(qū)至此基本全數(shù)淪陷。
1636年，李自成接替高迎祥成為新闖王。1641年，李自成攻陷洛陽，殺死福王朱常洵。1643年十月年李自成攻破潼關(guān)，十一月占領(lǐng)西安。另一支張獻(xiàn)忠領(lǐng)導(dǎo)的農(nóng)民軍主要在南方發(fā)展，先是控制了湖廣地區(qū)，之后又改進(jìn)攻四川，是為大西政權(quán)。1644年李自成在西安宣布建國，國號大順，年號永昌。崇禎十七年三月，農(nóng)民軍攻陷大同、宣府、居庸關(guān)。十八日，農(nóng)民軍攻克北京外城。次日凌晨，崇禎帝在北京煤山自縊，明朝在全國統(tǒng)治宣告結(jié)束。
